Le Jardin botanique se différencie des simples jardins d’agrément par son fondement scientifique. La recherche est, en effet, un élément clé de la mission de tout jardin botanique. Le Jardin botanique de Lyon est un véritable laboratoire vivant qui contribue à accroître le niveau de connaissance sur le végétal. La majorité des activités internes de recherche se concentre actuellement sur la découverte et la description de nouvelles espèces, sur les modes de culture des plantes les plus menacées et sur la conservation des graines. Le Jardin botanique est également le support de nombreux organismes extérieurs (CNRS, ENS, Universités…) à qui il envoie de nombreux échantillons végétaux.

Abritant un large éventail représentatif de la diversité de la flore mondiale, le Jardin botanique est doté d’un potentiel considérable en tant que centre de ressources pour la recherche, la conservation et l’enseignement. Les richesses phytogénétiques qui transitent par le Jardin botanique du fait de ses programmes d’acquisition constituent un matériel précieux à la disposition de la recherche scientifique et horticole, inaccessible par toute autre voie. Il gère en outre un fond d’une grande valeur à travers sa bibliothèque de botanique, dont l’intérêt pour la recherche scientifique et l’horticulture est à souligner, et un herbier de 350 000 parts, témoin historique de la richesse botanique mondiale.

Le Jardin botanique offre une véritable opportunité de conservation efficace des ressources phytogénétiques. Collections vivantes, herbiers et bibliothèque recèlent de nombreuses informations, notamment sur la diversité des plantes tropicales, même s’il reste encore beaucoup à apprendre dans ce domaine. En France, jardins botaniques et conservatoires botaniques se complètent pour la conservation in situ et ex situ de la flore et la diffusion de connaissances. Le système de conservation mis en place au Jardin botanique s'appuie sur les recommandations fixées en matière de développement et d’environnement par les trois accords internationaux qui ont découlé de la Conférence des Nations Unies sur l’Environnement et le Développement (CNUED), tenue à Rio de Janeiro en 1992 :

• La Convention sur la Diversité Biologique ;
  

• La Convention-Cadre des Nations Unies sur les Changements Climatiques ;

• La Convention des Nations Unies sur la Lutte contre la Désertification.

La Convention sur la Diversité Biologique et l’Agenda 21, issus du Sommet sur l’Environnement qui s’est tenu à Rio de Janeiro en 1992, soulignent le rôle essentiel des programmes d’éducation et de sensibilisation du public quant à la promotion de la conservation et du développement durable. Le Jardin botanique de Lyon a un rôle très important à jouer auprès des publics pour démontrer que les plantes, et plus largement la biodiversité, occupent une place fondamentale tant dans la vie quotidienne que dans les grands équilibres.

L’avenir de l’humanité dépend notamment de l’utilisation durable des ressources végétales. L’impérative réduction des menaces qui pèsent sur la biodiversité repose sur un changement des comportements. L’importance de mener des actions d’information et d’éducation auprès des populations, concernant l’utilité fondamentale de la biodiversité et la manière dont elle peut être gérée et conservée de manière plus efficace, est cruciale dans la mise en œuvre de toute politique internationale relative à la biodiversité. Ce rôle devient d’autant plus important que les impacts du changement climatique deviennent plus évidents, et que les réactions en termes de diminution et d’adaptation nécessitent un changement de comportement considérable de la part du public.

Le Jardin botanique diffuse depuis longtemps déjà des informations sur ces enjeux par le biais de visites guidées, d’ateliers ou encore d’expositions et d’événements, et accueille plus de 300 000 visiteurs chaque année.